Cuando se genera un ``par de claves'' (acordate que una clave esta integrada por dos en realidad, la pública y la privada) terminan llendo a parar a archivos separados. Todo esto se graba por defecto en el directorio .gnupg dentro del home directory del usuario.
La clave pública queda en el archivo /.gnupg/pubring.gpg y la clave privada en el archivo /.gnupg/secring.gpg. Estos archivos deben tener los permisos correspondientes, los permisos que le asigna el gpg por defecto están bien, pero por las dudas aclaro que la clave privada debería tener 400 (solo lectura para el dueño) y la clave pública 644 (lectura/escritura para el dueño y solo lectura para el resto).